En esta época surgen dos corrientes ideológicas: el federalismo y el centralismo, que dieron origen a un enfrentamiento militar y permitió que los españoles, a cargo del pacificador Pablo Morillo, reconquistaran el territorio en 1814.

Esta situación radicalizó el movimiento independentista y dio origen a la campaña libertadora comandada por Simón Bolívar que el 7 de agosto de 1819 con la "Batalla de Boyacá " fue definitiva para la independencia absoluta.

En España, entre tanto, el reinado de Fernando VII hace crisis: el amotinamiento de Riego impide el zarpe de nuevas fuerzas de apoyo a la Reconquista, acelerándose así la liberación de los territorios que permanecían bajo control de la Corona. 

Morillo regresa a España en l.821, dejando un ejército maltrecho. San Martín, desde el Mar del Plata, ascendía victorioso hacia el Perú, donde Bolívar consigue la expulsión definitiva de los españoles en l.824. Sucre (venezolano) y Córdova (granadino), fueron los héroes principales de la última fase de la contienda, en cuya provisión material Colombia asumió los suministros y la mayor parte de la deuda contraída con los ingleses.

Otro factor que contribuyó al movimiento revolucionario fue la obra adelantada por algunos intelectuales criollos, conocidos como precursores, quienes difundieron los principios de libertad e igualdad.  Entre ellos se encuentran: Antonio Nariño, Francisco Miranda y Camilo Torres.  Bolivar fue declarado presidente de la República y Francisco de Paula Santander, quien luchó activamente en la campaña, fue nombrado vicepresidente.

En Diciembre de ese mismo año en Angostura se hizo realidad el sueño del libertador: lograr que la Nueva Granada (hoy Colombia y lo que comprendía entonces a Panamá), Venezuela y Ecuador (parcialmente aún bajo el dominio español), formaran una sola y poderosa república.  El venezolano Francisco Miranda concibió esa unidad política continental con el nombre de La Gran Colombia, en honor a Cristóbal Colón. 

Pero el sueño bolivariano de mantener unidas las ex-colonias hispánicas tuvo un intento fallido en el Congreso Anfictiónico de Panamá (l.826).  Ni siquiera la unidad de las tres naciones socias iniciales de la Gran Colombia prosperó: primero el caudillismo de Páez en Venezuela, y luego el de Flores, en Ecuador, terminan por liquidarla.

En 1830 Bolivar renunció a la presidencia por motivos de salud, después de haber sido objeto de un atentado contra su vida en 1825.  Finalmente "El Libertador" muere en Santa Marta en l.830, repudiado por sus compatriotas venezolanos y combatido en Colombia por una generación de jóvenes civilistas,      contrarios a la dictadura.